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時は現代。
かつて存在した錬金術を操り、「アルス・マグナ魔導帝国」と名乗る悪の組織が秘宝【エレメンタルコア】を求めて日本を荒らしまわっていた。

しかし、そんな悪に立ち向かう正義の美少女ヒロインが２人！
「ソニックメルセデス」と「ソニックジゼル」の双子の姉妹である。
身体に宿した【エレメンタルコア】の力で変身する２人は、強力な戦闘力と、双子ならではのコンビネーションで帝国の幹部や怪物たちをことごとく撃破していたのだった。

そんなある日。
帝国の幹部「アルケミスト」である主人公・マックスと相棒のテスラのもとに、２人のボス「エンプレス」から勅命が届いた。
『一週間以内に「火」と「水」のエレメンタルコアを手に入れろ！さもなくば死だ！』
勅命に背けば処分は必至。
とはいえ、連敗続きのマックス達に勝算があるわけもない。

ところが、途方にくれる２人を見越してか、エンプレスが助っ人を送ってきた！
戦闘用ホムンクルス「マテル」である。
エレメンタルコアを身体に内蔵したマテルの戦闘力はメルセデスたち以上。
助っ人の力を借りて、マックスは双子の片割れを捕獲することに成功するのだった。

すぐさまアジトでエレメンタルコア回収の準備にかかるが、デリケートな秘宝エレメンタルコアは無理に外そうとすると消滅してしまう。
帝国の伝承では『エレメンタルコアは純粋な魂の持ち主に宿る』と言われていた。
逆に言えば、魂を穢してしまえばエレメンタルコアを外すことができるのである。
「なるほど…それじゃあ俺なりのやり方で正義のヒロインを穢してやろうじゃないか！」
ニヤリと笑い、舌なめずりするマックス。

かくして美少女戦士達の調教は開始されたのだった…。